Jednotlivá střediska Diakonie ČCE uzavírají smlouvu o spolupráci s konkrétním sborem či sbory Českobratrské církve evangelické, jejímž smyslem je zachování vzájemné blízkosti služby slova a služby činem v rámci jedné církve. Diakonická práce patří k činnosti sborů a duchovní a pastorační péče patří k činnosti diakonických zařízení a proto se vzájemně doplňují a obohacují.

Sbory s nimiž je uzavřena smlouva o spolupráci diakonická zařízení neřídí ani se na jejich řízení nepodílejí, ale především tato zařízení podporují prostřednictvím dohodnutých praktických nástrojů a činností, duchovní a modlitební podporou a podílejí se na duchovním životě Středisek. 

Střediska Diakonie ČCE jsou místem konkrétní služby celé ČCE, přičemž konkrétní sbor je partnerem konkrétního zařízení, ve kterém se děje služba konaná na základě pověření povšechného sboru.

BETLÉM má úzký vztah k evangelickému sboru v Kloboukách, který středisku dlouhodobě pronajímá budovy a pozemky potřebné k jeho činnosti. Tento sbor také volí dozorčí radu střediska, která dohlíží na chod střediska a jeho hospodaření a projednává se správní radou většinu jejich rozhodnutí.